Sebagai seorang anak kecil, adik Taisei, Ina, mendorongnya untuk berusaha menjadi orang yang keren saat mereka mengamati Hayabusa E5 di jembatan pejalan kaki. Selama hari ini, Taisei telah dipindahkan ke sekolah baru, Shinkai Academy karena sekolah yang sama pergi, yang sekarang telah hilang selama dua tahun. Taisei bertemu dengan guru wali kelasnya Kadomichi Takanawa. Taisei menjadi akuin dengan Mai, dan Ryota, yang dia duduk di sebelahnya. Di kelas, hubungan Taisei dengan INA terungkap dan menyebabkan kegemparan karena dia adalah insinyur sistem yang terkenal. Taisei menolak untuk percaya bahwa dia pergi dan masih percaya dia masih hidup, tetapi banyak siswa lain tidak. Ketika Ryota, teman sekelas yang duduk di sebelah Taisei menunjukkan kepadanya di sekitar sekolah, dia memberi tahu Taisei bahwa dia juga percaya saudara perempuannya tidak pergi. Ryota menunjukkan kepada Taisei klub kereta api dan dia langsung menimpanya, dibandingkan dengan Ryota, yang meskipun menjadi wakil presiden klub, tidak memiliki kegilaan tingkat otaku yang serupa dengan topik tersebut. Kami ditunjukkan bahwa Mai adalah presiden klub, dan Takanawa adalah penasihat klub mereka. Sementara ketiganya berada di Metaverse bersama, Taisei mencoba simulator mengemudi kereta dan kinerjanya luar biasa. Sementara itu, serangan dari hal yang tidak diketahui terjadi pada jembatan pejalan kaki yang sama dengan yang diamati Taisei sejak lama. Tergesa -gesa ke Museum Kereta Api, Mai dan Ryota memberi tahu Taisei bahwa keduanya adalah bagian dari organisasi rahasia yang disebut Erda, atau Badan Pengembangan Kereta Api Ultra Evolution, “dengan klub kereta api sebagai penutup.” Taisei diminta untuk mengendarai E5 Hayabusa, yang dapat berubah menjadi robot shinkalion. Karena baik Mai dan Ryota tidak memiliki kemahiran untuk mengendarainya, Taisei diminta untuk melakukannya. Mengingat tujuannya menjadi orang yang keren, Taisei menerima tugas itu dan meminta untuk mengendarai shinkalion.